Sì, temo che avrà un impatto, ma non necessariamente uno grande. Sono in una situazione simile, un'app apparentemente benigna (Postbox, un client di posta di tutte le cose) costringe anche la mia grafica discreta (stesso modello, Retina MBP).
Gli autori ne sono pienamente consapevoli, ma dicono che non c'è nulla che possano fare - in definitiva la scelta se abilitare la grafica discreta spetta ad Apple, si attiva automaticamente se OSX rileva che è in corso un'elaborazione grafica pesante.
Apparentemente nel caso di Postbox è dovuto al rendering dei font o qualcosa del genere. Ho appena imparato a conviverci - se fossi davvero disperata potrei costringerlo alla grafica di bordo usando lo stesso strumento che citi comunque.
Quanto è grande l'effetto dipende da cosa sta facendo l'applicazione, e solo tu puoi determinarlo, provandolo con la grafica prima su discreto e osservando la batteria rimanente stimata, poi di nuovo su una grafica integrata. Questo dovrebbe essere un indizio ragionevole.