Mentre dalla mia esperienza questo bug sembra essere risolto da OS X Mountain Lion, potrebbe essere che il tuo database di Launch Pad fosse già danneggiato durante l'aggiornamento e l'aggiornamento non lo ripari necessariamente.
Potresti provare a ricostruire il tuo database e vedere se questo risolve il tuo problema, ma tieni presente che questo rimuoverà completamente l'ordine corrente e il raggruppamento di app in Launchpad.
Per rimuovere / ricostruire il database, è possibile eseguire questo comando dal Terminale:
rm ~/Library/Application\ Support/Dock/*.db; killall Dock