Beh, il mio consiglio per te è usare MVC e un framework PHP.
Questo ti permetterà di concentrarti maggiormente sullo sviluppo dell'applicazione stessa piuttosto che sull'impostazione di base della struttura del progetto.
Uso il framework Zend ed è fantastico. L'unico inconveniente è la sua ripida curva di apprendimento e la documentazione scomoda. Tuttavia, ha la più grande libreria di classi che abbia mai visto.
Se ti senti intimidito dalla complessità del framework Zend, puoi provare CodeIgniter che ha la migliore documentazione disponibile oltre a molti video tutorial . Questi tutorial mi hanno fatto capire MVC in azione.
Quando ci si sente a proprio agio, forse è possibile passare a un framework più completo come Symfony o CakePHP .
Nota:
Alcuni sostengono che framework come Zend, Symfony e CakePHP sono eccessivi per una semplice applicazione, ma tutto dipende dall'obiettivo. Se vuoi semplicemente creare un'applicazione veloce e sporca, crea alcuni script e funzionerà correttamente.
Tuttavia, se vuoi davvero imparare le buone pratiche di progettazione OO e le profonde conoscenze di alcuni dei migliori framework disponibili per il kill :)