Le tue stime dovrebbero certamente tenere conto del debito tecnico. Il punto di stimare le storie è quello di ottenere un'indicazione di quanto impegno ci vorrà per realizzare qualcosa, e il debito tecnico sicuramente contribuisce a questo. Di fatto, dovresti prendere tutto ciò che potrebbe influire sul tempo / sforzo necessario per implementare una storia nelle tue stime (ad esempio, apprendere il dominio aziendale).
A volte, quando c'è molto lavoro di refactoring da fare, ho aggiunto un sotto-task separato sotto una storia, e ho stimato di conseguenza. Altrimenti, il refactoring e la gestione del debito tecnico diventeranno una parte naturale di ogni storia. Dovrebbe essere stimato di conseguenza.