Stranamente ho avuto un problema estremamente simile. C'era una piccola barra che si presentava sotto il Dock sul mio desktop, circa finché il Dock è largo (il mio Dock è verticale) e con gli angoli arrotondati. Era nero e anche i punti delle applicazioni in esecuzione sul mio Dock sono neri (mentre il tuo è grigio e la barra è grigia).
L'aggiornamento dalla 10.10.1 alla 10.10.2 ha causato la sua scomparsa. Poi è riapparso, insieme a un secondo. È sopravvissuto ai reboot. Non pensavo che facesse parte del Dock, perché è rimasto nello stesso posto quando ho spostato il Dock dal lato destro dello schermo verso il basso. Anche se, quando è comparso il secondo, e ho fatto scorrere il cursore sul dock (innescando l'ingrandimento delle icone), è rimasto sopra le icone sul lato dell'app del dock ed era al di sotto delle icone sul lato Cestino del dock .
Finalmente ho eseguito questo comando del terminale per uccidere il Dock, e quando si è riavviato da solo, le barre erano sparite. È passato circa un giorno e non sono riapparsi. Dita incrociate. Presumo che questo sia un bug in Yosemite.
killall -KILL Dock