Come dici tu, è un casino e non c'è un modo semplice per annullare questo dato che è difficile dire quali sono stati installati da quale fonte.
Quelli che dovrebbero essere in / usr / include provengono direttamente da OS X o da Xcode e dai suoi strumenti da riga di comando.
Quindi in teoria puoi identificare quali sono Homebrew e quali no.
Se potessi rimuovere il / usr / local / include link mkdir un nuovo / usr / local / include poi mv gli articoli Homebrew da / usr / include alla nuova directory. Quindi reinstallare gli strumenti da riga di comando OS X e Xcode (quest'ultimo potrebbe essere sufficiente). Comunque penso che questo non sarà fattibile nella pratica. Quindi elimina il link e la directory e reinstalla OS X, Xcode, strumenti da riga di comando e Homebrew.
Se tutte le tue build hanno / usr / local / include come prima directory di inclusione, non avrai alcun problema, ma questo è ALL build. (per esempio le build di python che usano C in setup dovrebbero usare lo stesso include python è stato creato con così dovrebbe usare / usr / include)