Se si tratta di app di terze parti, direi che è necessario reinstallarle ma non lo sono, quindi è un po '... più difficile ...
È possibile che il ripristino di Time Machine riporti i file creati con una versione successiva dell'app che la versione precedente comprende. Vorrei iniziare con l'eliminazione dei file delle preferenze per quelle app in ~ / Library / Preferences. Cerca i file che iniziano con "com.apple" e terminano con il nome dell'app. Puoi anche effettuare il check in / Libreria / Preferenze. Elimina i file delle preferenze e prova di nuovo l'app.
App come Calendar hanno un file che si aprono automaticamente. potresti dover semplicemente eliminare il 'documento' del calendario principale che (I credo ) ha la propria cartella in cui risiedono: ~ / Library.
Infine cancella le cartelle della cache Elimina i contenuti di / Library / Caches e ~ / Library / Caches e riavvia.
Almeno questa è la mia ipotesi migliore.