Ok, ho posto questa domanda due volte nello stackoverflow due volte, here e qui .
Non ho ricevuto risposta, ma dopo aver ripensato il problema penso che possa essere dovuto ai permessi di file / cartelle, ok questo è quello che sta succedendo.
Ambiente: eclipse STS 3.8.2 che gira su java 1.8 e SO è macOs Sierra.
quando apro l'IDE per la prima volta crea una cartella nel mio utente domestico chiamata .eclipse e all'interno di una cartella con il nome org.springsource.sts_3.8.2.RELEASE_562342862_macosx_cocoa_x86_64 . L'IDE utilizza questa cartella per salvare la configurazione, i plug-in e così via, ok quando chiudo l'IDE e lo riapre, l'IDE crea una nuova cartella come la prima ma cambia il nome come questo org.springsource .sts_3.8.2.RELEASE_562342586_macosx_cocoa_x86_64 e salva la configurazione lì, quindi tutta la precedente configurazione è andata persa.
Questo porta ad avere un ambiente nuovo ogni volta che apro l'IDE, quindi ogni plug-in installato va perso. Ho provato a copiare e incollare il contenuto di una cartella su un'altra, ma l'IDE ignora i file in essa contenuti.