È gestito in modo diverso perché sono due diversi motori Web che alimentano i due.
Quando usi Safari, stai utilizzando il nuovo motore Javascript accelerato da Nitro simile a WKWebView, che puoi utilizzare nelle tue app.
Tuttavia, quando aggiungi l'app alla schermata iniziale e la apri a schermo intero, non sarà alimentata dal motore Javascript accelerato con Nitro e verrà eseguita in quello che è essenzialmente lo stesso di UIWebView, che tu può anche essere utilizzato nelle tue app.
All'inizio Apple consentiva solo alle app di terze parti di utilizzare UIWebView e non il più recente motore Nitro-accelerato. Il motivo per cui i link della schermata principale sono soggetti a questa restrizione è probabilmente un residuo di tale politica.
Tuttavia, il ragionamento dietro il motivo per cui Apple sceglie di farlo in questo modo è impossibile da dire.